É possível expedição de certidão negativa quando há débitos tributários em nome de um estabelecimento do mesmo grupo econômico?

Existe uma grande divergência sobre a possibilidade de expedição de CND (Certidão Negativa de Débitos) ou CPEN (Certidão Positiva com Efeito de Negativa) quando existem débitos em nome de uma empresa do mesmo grupo econômico.
Ou seja, a grande dúvida é se um CNPJ, que não possui nenhum débito, pode ter a expedição de CND ou CPEN, ou se não pode pois faz parte de um mesmo grupo econômico de outro CNPJ que possui débitos tributários.
A matéria ainda não foi pacificada pelo STJ (Superior Tribunal de Justiça) e dois entendimentos estão sendo aplicados no caso.

Tribunais entendem que matriz e filial têm autonomia jurídico-tributária e são contribuintes isolados

Um dos entendimentos que está sendo seguido por muitos tribunais do país deriva do artigo 127, inciso II do Código Tributário Nacional, que trata do princípio da autonomia dos estabelecimentos para fins tributários, desde que cada um tenha o seu próprio CNPJ.

Art. 127. Na falta de eleição, pelo contribuinte ou responsável, de domicílio tributário, na forma da legislação aplicável, considera-se como tal:
  II - Quanto às pessoas jurídicas de direito privado ou às firmas individuais, o lugar da sua sede, ou, em relação aos atos ou fatos que derem origem à obrigação, o de cada estabelecimento;

Segundo esse entendimento, as filiais e a matriz possuem autonomia jurídico-tributária e devem ser consideradas como contribuintes isolados, pois cada uma tem seu domicílio tributário independente. Assim, as obrigações tributárias são geradas e os tributos exigidos segundo a situação de cada estabelecimento, individualmente.
Com base nisso, é possível que um estabelecimento, que não tem débitos, consiga a expedição de CND ou CPEN, mesmo que a matriz do seu grupo econômico, ou outra filial, possua dívidas tributárias.
Mas essa não é a única ideia que está sendo aplicada. Veja o entendimento divergente:

Filiais de mesmo grupo econômico possuem apenas autonomia administrativa

No STJ há quem entenda que as filiais de um mesmo grupo econômico não possuem autonomia jurídico-tributária, mas apenas autonomia administrativa e operacional, pois existe relação de dependência entre o CNPJ das filiais e da matriz.
Nesse caso, a personalidade da pessoa jurídica passa a ser considerada como um todo e as filiais são apenas estabelecimentos secundários de uma mesma pessoa jurídica, sem possuírem patrimônio e personalidade jurídica própria.
Levando em consideração esse entendimento, apenas é possível a expedição de CND ou CPEN se todas as filiais e a matriz, não possuírem débitos fiscais.

 Preciso de uma certidão negativa para minha filial, o que fazer?

É possível conseguir a expedição da certidão, porém deve-se tomar cuidado com a divergência que foi explicada. Para tentar conseguir êxito na hora de expedir a CND ou CPEN é melhor contar com a ajuda de advogados(as) especializados(as).
Por existir divergências no STJ, existe a necessidade de trabalhar cuidadosamente a questão e apenas um profissional qualificado será capaz de te auxiliar com isso!